$text = <<EOS;
<li>sdfjlsdkjflks</li>
<li>fsdfi sdjfois dosfj osid</li>
<li>sdf djfid id fidj fi</li>
<li>sdjfsi isjdifji</li>
EOS

$count = 1;
$text =~ s/<li>(.*?)<\/li>/'<li><a href="#'.$count++.'">'.$1.'<\/a><\/li>'/ge;
print($text . "\n");

<li><a href="#1">sdfjlsdkjflks</a></li>
<li><a href="#2">fsdfi sdjfois dosfj osid</a></li>
<li><a href="#3">sdf djfid id fidj fi</a></li>
<li><a href="#4">sdjfsi isjdifji</a></li>